广东省北江流域管理局的成立可追溯至2006年8月21日，当广东省编办发布文件，决定基于广东省北江大堤管理局的基础，建立省级的北江流域管理局。该机构被设定为正处级单位，由广东省水利厅负责日常管理。2007年6月28日，广东省北江流域管理局正式挂牌，开始履行其维护北江流域水资源安全的职责。2009年10月9日，随着事业单位分类改革的深入，该管理局的性质发生变化，被认定为省水利厅管理的事业单位，级别升为副厅级，并划归行政类，这对其在水政监察工作中的角色和职责有了更明确的界定。