故事发生在日本的室町时代，阿席达卡（アシタカ）所在的部落虾夷族位于日本的东北部。一天，一个从西方来的邪神要侵略阿席达卡所在的村庄，这个邪神是由受了诅咒的野猪神变成的。在邪神步步紧逼的情况下，阿席达卡挺身而出，虽然他打死了野猪神，但自己也中了邪神的诅咒，生命垂危。为了破解诅咒和拯救自己，阿席达卡遵循巫婆的指示，前往西方寻找真相。在旅途中，他听说麒麟森林的守护神——麒麟兽（山兽神或鹿神）可以解开这个魔咒，于是他向麒麟森林出发。途中，他救了两个掉入山谷的运输铁矿石的人，并首次遇见了珊。这两个人是幻姬大人的炼铁场的人，幻姬大人的铁工场位于麒麟森林附近。为了开采矿石，幻姬大人的人破坏森林，攻击森林中保护自己世界的动物，因此与森林中的动物有仇，特别是白狼神（犬神）。阿席达卡把这两个人送回铁工场，并在那里揭开了野猪神被诅咒的真相：幻姬大人用火枪进攻森林，守护森林的野猪神·名护之神因中了她的火枪弹而变成邪魔。阿席达卡还发现幻姬大人为了杀掉麒麟兽，占领麒麟森林，发明了一种强大的火枪。在那晚，珊袭击了铁工场，她其实是由白狼神养大的人类的女儿。在敌众我寡的情况下，珊形势危急，但阿席达卡决心救她，结果中了一枪，生命垂危。珊救活了阿席达卡后，对他充满敌意，但最终被他的真诚和勇敢所感动。伤势严重的阿席达卡决定带他去麒麟森林寻求救治。麒麟兽救活了阿席达卡。此时，深受人类干扰的野猪群决心与人类拼死一争，拯救自己的家园森林。珊热爱森林，想保护森林的守护者（野猪群），因此离开了阿席达卡，投入了野猪群与幻姬大人和武士的联军的战斗中。幻姬大人他们目标并非消灭野猪群，而是以它们为诱饵找到麒麟兽并消灭它。另一方面，在幻姬大人带领男兵去消灭麒麟兽时，她的铁工场受到了天朝武士的攻击，守城的只有女人。在铁工场岌岌可危时，阿席达卡赶到了。原来他在离开珊后也受到了朝廷散兵的攻击。他在铁工场外得知幻姬大人攻击麒麟森林去了，为了拯救麒麟兽和珊，同时也为了通知幻姬大人回来救她的工场，他再次朝麒麟森林出发。幻姬大人与野猪群的一战，野猪群几乎全军覆没，只剩野猪神乙事主、珊和白狼神。他们正在撤向麒麟兽安身的小岛。幻姬大人和武士军队为了找到麒麟兽，他们穿上野猪皮，涂上野猪血，以掩盖他们人的身份，跟踪撤退的野猪神和珊。快到麒麟兽所在的小岛时，军队围住了野猪神和珊，并攻击他们。愤怒的野猪神即将变成邪魔，珊为了救它也将受到牵连。刚赶到的阿席达卡想要救珊，却力不从心。形势不可挽回时，麒麟兽出现了，它超度了野猪神的生命，制止了它变成邪神。在白狼神的帮助下，阿席达卡解救了珊。幻姬大人趁机将麒麟兽的头射下来，愤怒的麒麟兽开始吸收生命以找回它的头。白狼神见状，奋勇一搏，咬掉了幻姬大人的一只胳膊，随后死亡。阿席达卡和珊为了救森林，终于帮麒麟兽夺回了它的头。头失而复得的麒麟兽在太阳升起时倒地而亡，瞬间为大地带来了新的生机。