根据相关资料查询，公司起诉员工的诉讼时效是三年。如果员工因故意或者重大过失给公司造成了损失，公司可以要求员工赔偿，如果员工不赔，公司可以去法院起诉员工。根据民法典规定，诉讼时效是三年。从公司知道或者应当知道员工给公司造成重大经济损失之日起计算。