是。南京市中考体检是免费的。根据《南京市中考招生工作实施方案》规定，南京市中考招生体检由招生部门组织实施，面向所有符合报考条件的考生，考生不需要支付任何费用。中考体检主要是为了保障考生健康，防止体检不合格对考生的学习和生活造成影响。