开增值税专用发票，从服务费中扣除应纳增值税后上缴国家税务部门。根据国家税务总局发布的《增值税发票管理办法》规定，云盘服务提供商需要向用户开具增值税专用发票，并从用户支付的服务费中扣除应纳增值税后上缴国家税务部门。增值税是一种按照货物和服务增值额征收的一种税种，即在货物和服务的生产、流通和消费环节中，按照增值额的大小征收税款的一种税种。