不扣。税务局的扣款时间是在周一到周五的早上9点到下午5点之间，因此，医保电子缴费周六税务局是不会进行扣款的。医保电子全称为“医保电子凭证”，是由国家医保信息平台统一签发，是基于医保基础信息库为全体参保人员生成的医保身份识别电子介质。