公司扣发员工工龄工资是否违法，取决于具体情况。在正常劳动法律关系中，除非有正当理由，否则用人单位无故扣发工龄工资涉嫌违法行为。作为劳动者报酬之一的"工龄工资"，应按劳约或规章制度如期全额发放。然而，如劳动者有违规、未达成任务等过失，且单位已依照法定程序定制并向职工公布规章制度，其中明确可扣除的工龄工资事项，则该种扣减可能合法。建议您查阅劳动合同和单位规章制度对工龄工资的相关条款，若认为单位扣发工龄工资违法，可先行与单位沟通，若无法解决问题，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。