水轮机运行时不小心大木头掉进水里，可以采取以下措施：1.立即停机：在发现有大木头掉进水里后，应当立即停机，避免水轮机继续运转，导致损坏。2.清理出口：如果木头卡在水轮机出口处，应当及时清理出口，避免木头对水轮机造成进一步的损坏。3.排除堵塞：如果木头卡在管道中，应当及时排除堵塞，避免管道破裂或者水轮机损坏。4.检查损坏情况：在采取以上措施后，应当检查水轮机的损坏情况，如果有需要，应当及时进行维修或者更换。