根据百度文库查询可知，针对隧道仰拱基底存在虚渣和杂物的情况，可以采取以下措施回复监理指令：1.立即组织清理现场，确保隧道仰拱基底无杂物和虚渣。2.对于未达到设计要求的地段，采取相应的处理措施，如进行夯实、加固等。3.对于存在严重质量问题的地段，立即采取补救措施，如重新施工、修补等。4.加强对现场的监管，确保隧道仰拱基底的施工质量和安全。5.对于监理提出的问题，认真对待并积极采取措施进行整改。