武汉数字工程研究所的研究生学历是会被认可。武汉数字工程研究所是一所经过教育部批准设立的高等教育机构，其颁发的学位证书和毕业证书都是合法有效的。研究生学历的认可，除了是学校的资质和声誉，还需要根据教育部门和相关行业的认可情况来看。武汉数字工程研究所的研究生学历在国内各大高校、科研机构和企事业单位都是被认可的。