沉水性水生植物在水中是可以进行呼吸的。在实验中，观察到沉水性水生植物在水中进行呼吸，是这些植物从水中吸取溶解在水中的氧气并将其用于呼吸作用，同时释放二氧化碳。这是水生植物的气孔在水下，需要依赖水中的氧气来进行呼吸。