合作社自产自销农产品成本通过以下方法计算：1、计算直接成本：将每种直接用于生产的支出加总得到直接成本总额。2、计算间接成本：将与生产过程相关的其他支出加总得到间接成本总额。3、计算总成本：将直接成本总额和间接成本总额相加得到合作社自产自销农产品的总成本。