产生方式不同、荷质比值不同。1、产生方式不同：分子离子峰是样品分子在质谱仪中被电子轰击或受到光解等方式分裂后，所形成的单个荷质比最大的离子峰，碎片离子是由分子离子进一步分解，形成荷质比小于分子离子峰的离子。2、荷质比值不同：分子离子峰的荷质比较大，其代表分子整体的质量和带电状态，碎片离子的荷质比较小，其是从分子离子中剥离出来的部分结构单元。