30元。商家使用花呗收款5000元的手续费，会由于收款方式的不同而有所差异。花呗的手续费是根据商家的交易额来计算的，交易额在1万以内，手续费为百分之零点六、商家使用花呗收款5000元，手续费为百分之零点六，即30元。手续费的高低会根据不同的收款方式、交易时间、交易地点因素而有所不同。