因公司而定。病假是否影响年终奖，是由用人单位依法自主确定，除法律法规规定的诸如晚婚晚育假期、公务和社会活动缺勤和工伤职工停工留薪期等休假按正常出勤不能影响之外，其它缺勤如何扣发，如何发放是用人单位自主权。