1、安全形势有恶化迹象：湄公河水道流经世界有名的产区金三角，区内走私猖獗，武器泛滥，各种非传统安全问题突出，这对过往船只、人员和财物安全构成了巨大威胁，严重制约了贸易的正常往来。2、水资源的利用和协调存在问题：虽然流域内水资源总量丰富，但时空分布不均，各国在用水目标上存在一定矛盾。3、次区域内合作机制的执行力不够：GMS合作机制尚不够健全，其“弱制度”的孱性往往导致议而不决，决而不行”，上文提到的各个合作协议其内容大多为原则性条款，没有强制约束力、时间表和监督程序。如CBTA星已正式签署，但部分国家还没有最终完成国内的立法批准程序，客货便利运输的相关工作仍进展缓慢。