南宁中心血站办理市民卡时间是每年的3、6、9、12月底。查询南宁中心血站的官网发布的信息可知，办理时间：因受到制卡的限制，补卡周期为每年的3、6、9、12月底。携带身份证原件到南宁中心血站献血办或者市民卡业务网点办理现场挂失。