卷烟零售户申请轮候制度的意义是维护卷烟市场秩序和保障各方利益。1、维护卷烟市场秩序：通过轮候制度，可以管理卷烟销售地点和销售时间，避免不正当竞争和非法销售，维护卷烟销售市场秩序。2、保障各方利益：通过轮候制度，可以保障卷烟生产企业、卷烟批发企业和卷烟零售户的利益，使得卷烟销售渠道规范化和稳定化。