功能、适用范围不同。1、功能不同：兽药经营许可证是指经营兽药的企业必须持有的证件，它是允许企业经营兽药的合法凭证；疫苗证是指动物接种疫苗后，兽医师为动物签发的证明文件，证明该动物已经接种了疫苗。2、适用范围不同：兽药经营许可证适用于所有经营兽药的企业，而疫苗证则适用于所有需要接种疫苗的动物。