入党申请人与支部书记为父子关系可能会对党组织的工作产生一定的影响，但具体情况需要根据党组织的规定和要求来确定。如果支部书记是申请人的父亲，那么他们之间可能存在一些私人关系，但这并不意味着他们必须回避彼此的关系。如果申请人需要向党组织提交入党申请书，那么他应该遵循党组织的程序和规定，如实填写申请书，并提交相关材料。总之，入党申请人与支部书记之间的关系应该根据党组织的规定和要求来处理，以确保党组织工作的公正、公平和透明。