分子量大小。凝胶色谱法的固定相为多孔性凝胶类物质，流动相为水溶液或有机溶剂，在凝胶色谱分离中，小分子可以扩散到凝胶空隙，由其中通过，出峰最慢，中等分子只能通过部分凝胶空隙，中速通过，而大分子被排斥在外，出峰最快，因此凝胶色谱法是按分子量大小分离。