水杯用久了底部变绿是否有毒需要根据具体情况来判断。如果水杯底部变绿是由金属材质被氧化导致，通常不会对人体健康造成直接的危害，但可能影响水杯的使用寿命。然而，如果水杯底部变绿是由铜绿或氧化铜等有毒物质引起的，那么这种物质可能会对人体健康造成潜在的危害，例如可能导致皮肤过敏或者吸入后引起呼吸系统问题。此外，如果水杯是用紫铜制成的，并且在使用过程中产生了铜绿，那么这种物质可能对人体健康造成直接的危害。因此，如果发现水杯底部变绿，建议及时更换水杯，以确保饮用的水是安全的。同时，避免使用含有有害物质的材料制成的杯子，以保护自己的健康。