工商行政管理机关。公司已注销工作的情况下，员工要开证明可以在工商行政管理机关开具，企业住所所在地的工商行政管理机关是管辖该企业工商登记申请、变更、注销的公司登记机关，经公司登记机关注销登记，公司终止。