不算。高中会考挂了一科不会断层，无论是否毕业都有学生档案的，并不会缺少档案而导致断层，高中会考即普通高中学业水平考试，是根据国家普通高中课程标准和教育考试规定，由省级教育行政部门组织实施的考试。