将停止发放工资。职员因为犯罪被批捕后工资会暂停发放，在解除劳动合同时一次付清劳动者工资。根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条，劳动者被依法追究刑事责任的，用人单位可以单方面解除劳动合同，并且不需要支付经济补偿或者赔偿金。