两者区别是历史背景不同、规模不同、门票政策不同。1、历史背景不同：南京博物院成立于1933年，是中国最早成立的博物馆之一；南京博物馆成立于1953年，相对较晚。2、规模不同：南京博物院拥有各类文物藏品43万余件；南京博物馆拥有各类文物藏品30万余件。3、门票政策不同：参观南京博物院无需购买门票，只需提前预约即可；参观南京博物馆需要购买门票。