该市平均海拔2960米，境内最低点海拔2788米，最高点海拔4087米。合作市，位于甘肃省甘南藏族自治州西北部，东邻卓尼县，南连碌曲县，西接夏河县，北靠临夏回族自治州和政县、临夏县。合作市处于青藏高原的东北边缘，甘、青、川三省交界处，是内地通往藏区的重要门户，也是藏区连接内地的重要通道。