是。南京长江航道工程局作为长江航道管理机构，负责长江航道的规划、建设、运营等工作，南京长江航道工程局是中国的政府机构，属于国家事业单位。事业单位是指依法成立、具有独立法人资格的组织，承担社会公益事业和提供公共产品、服务的组织形式，主要任务是保障长江航道的安全畅通，促进水上交通发展和经济繁荣。