南京应天府缺乏足够的资源和人才。应天府缺出即应天府出现空缺，弘光元年，清兵攻克南京后将应天府改名为江宁府，补了此缺吴三桂重将国都改称应天府，缺出是缺乏足够的资源和人才来满足当地的需求或发展，因此金陵应天府缺出就是南京应天府缺乏足够的资源和人才。