意思不同，单位不同。1、意思不同：100余万元，指的是一百万以上，并且还有余数，比如101万、102万、110万等，而100万余元，指总金额为一百万，但是还有剩余的部分，比如100万零一元、100万零二百元等。2、单位不同：100余万元是以万元为单位，而100万余元是以元为单位。