外观不同、功效不同等。1、外观不同：白豆蔻的果皮为暗红色或紫红色，果肉为白色；肉豆蔻的果皮为灰棕色或灰黄色，果肉为黄白色。2、功效不同：白豆蔻具有化湿行气、温中止呕的功效，主要用于治疗寒湿阻滞引起的胃脘胀满、呕吐、腹泻等症状。肉豆蔻则具有温中行气、涩肠止泻的功效，主要治疗由脾胃虚寒引起的腹胀、腹痛、食欲不振等症状。