可以冻结。债务人没有按照要求清偿债务，债权人可以向法院申请冻结其财产，因此搬迁补偿款法院可以冻结。《民事诉讼法》第一百条：人民法院对于可能因当事人一方的行为或者其他原因，使判决难以执行或者造成当事人其他损害的案件，根据对方当事人的申请，人民法院在必要时也可以裁定采取保全措施。