责令拆除恢复原状。《海岸线占补实施办法》明确“海堤建设原则上不得占用自然岸线，确需占用自然岸线的，必须经过充分论证，并符合自然岸线管控要求，落实岸线占补，水闸占用自然暗线属于如果没有经过允许，是属于违法行为，需要责令拆除恢复原状，所需费用由工程方自行承担。海岸线占补可采取项目就地修复占补、本地市修复占补和购买海岸线指标占补等多种方式。