1.迟到一次罚款5000元是否合法？这个问题涉及到劳动法的相关规定。2.根据劳动法，单位不得无故拖欠或克扣劳动者的工资。3.如果员工因严重失职或营私舞弊给用人单位造成重大损失，单位可以根据情况追讨经济损失。4.但是，对于员工的轻微迟到，通常不会对单位造成严重影响，因此不允许以此为由罚款。5.法律明确指出，《劳动法》第五十条规定工资应以货币形式按月支付给劳动者，不得克扣或无故拖欠。