通过法律途径解除婚姻关系时，法院会遵循如下规则分配两个孩子的抚养权：未满两岁的儿童将优先由母亲抚养。若两岁以上的儿童抚养问题存在争议，法院将依据其身心发展的利益做出最有利于儿童的决定。至于八岁及以上的未成年人，应尊重他们的自我意识和意愿。【法律依据】《民法典》第一千零八十四条父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。