企业自主扣除绩效薪资或致违法，需结合实际分析。通常而言，如劳资协议或企业规章明文规定绩效薪酬计发规则，而企业实施扣除行为违反上述约定及规定，则涉嫌违法。例如，员工已圆满完成工作任务，无任何违规行为，企业却无故扣除绩效薪资，无疑侵犯了员工权益。然而，若员工未达既定绩效标准，企业具备充足证据与合理考核体系支持扣除行为，此种扣除或许合法。总的来看，判定企业扣除绩效薪资是否违法，关键在于扣除行为是否有法律依据与充分理由。