公司业务暂停过程中扣除员工工资可能涉嫌违法。根据我国《劳动法》规定，用人单位应按时足额向劳动者支付货币工资，不得无故拖欠或扣除。若公司因业务停滞导致岗位空缺，亦不可径直以之为由削减工资待遇。然而，在经双方协商且签署书面协议后，对工资支付方式及标准进行调整，遵循法定程序，则不在此限。建议您首先与公司沟通协商，明确扣薪原因及其合理性。若协商无果，可搜集相关证据，如工资单、劳动合同等，向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以保障自身合法权益。