公司规定迟到扣钱，加班不支付加班费，这种做法违反了劳动法规定。员工有权依法维护自己的权益，可以咨询专业律师，并在其指导下采取法律行动。可以向公司提出要求，追讨被扣的工资，以及未支付的加班费。如果公司拒绝合理解决，可以选择向劳动仲裁委员会提起仲裁，或者直接向法院提起诉讼。在这种情况下，员工可能要求公司支付包括工资、加班费、奖金、津贴、年终奖金，以及经济补偿金等。每工作满一年，员工还应获得相当于一个月工资的经济补偿金。