虽然北大医学部和协和医学院都与北京大学有紧密的联系，但它们实际上是两个不同的教育实体。北大医学部作为北京大学独立建制的学院，拥有悠久的医学教育历史，自20世纪初便致力于医学教育的发展。它的历史经历起伏，但始终是北京大学医学体系的核心组成部分。

与之不同，协和医学院的诞生源于原协和医学院与北京大学医学部的合并。这意味着协和医学院的背景和结构与北大医学部有所区别。然而，尽管名字相似，两个学院在教学、科研和治疗水平上均保持着高水平，特别是在国际上享有极高的声誉。

总的来说，尽管北大医学部并非协和医学院，但它作为北京大学医学部的重要组成部分，其在医学教育和研究领域的地位不可忽视。它培养的医学人才在国内外都备受认可，是医学界的重要力量。所以，虽然名字相近，但北大医学部和协和医学院在本质上是两个独立且各有特色的医学院校。