南京大学的最高行政领导者是校长，其在国家行政级别上被定为副部级。在中国，共有三十二所高校享有这一级别，其中包括国防科技大学，它在国防体系中的地位相当于副大军区级。通常，本科以上的高等教育机构被归类为厅局级，比如河南省的河南师范大学和安阳师范学院，作为省级所属高校，它们属于这一级别。而专科高校则多为副厅局级，如安阳工学院，作为安阳市市属高校，其级别更低一些。

南京大学当前的掌门人是吕建校长，他于1984年投身教育事业，拥有工学博士学位，并在学术领域中担任教授和博士生导师，同时也是中国科学院的院士。吕建有着丰富的学术背景，他1982年毕业于南京大学计算机系，随后在该校深造并取得博士学位。自1984年起，他在南京大学担任了一系列重要职务，从计算机系副主任到副校长，再到2018年1月开始的校长职位，吕建凭借其专业能力和经验，领导着南京大学稳步发展。