行政赔偿与司法赔偿的主要差异在于：行政赔偿由国家行政机构及其公务人员造成，而司法赔偿则系司法机关及其工作人员所为；行政赔偿源于行政管理过程中的不当行为，而司法赔偿则涵盖了从侦查至监狱管理等一系列司法活动；司法赔偿的追偿范围相对较小；此外，二者的具体程序在法律规定上也有所不同。