长江航运公安局的薪酬福利总体上相当不错，起薪点通常在5000元以上。值得注意的是，随着员工在单位内的工作经验积累，工资会呈现出逐步上升的趋势，尽管初期可能会相对较低，但相比于其他国有企业，其起始薪酬已算相当可观。

该机构的组织结构包括了多个关键部门，如办公室（指挥中心）、法制处（监所管理处）、信息通讯处、财务处、基建装备处、审计处、警务督察处、警卫处（船舶保卫处）、政治部（含宣传教育处、组织人事处）以及纪委办公室（监察处）。此外，还有专门负责国内安全保卫和出入境管理的队伍，以及国内的16个分局，如泸州、重庆、万州等地的分部，以及专门的长江航运人民警察学校（交通部公安民警培训中心），为新警和在职人员提供专业培训和发展机会。