当员工向出纳借款并已入账后，报销时的账务处理需要清晰记录。首先，当员工借款1000元时，出纳会在现金日记账上这样记录：借记"其他应收款—员工姓名"1000元，贷记"库存现金"1000元，这表明有1000元现金已被借出。然后，当员工报销1200元时，出纳操作如下：借记"管理费用"1200元，贷记"库存现金"200元，同时借记"其他应收款—员工姓名"1000元，此时实际支付了现金1200元。由于最初的借款1000元并未用现金支付，所以在现金日记账上并不反映这笔费用，这是会计准则中关于非现金交易的处理。

在现金日记账中，每个月的日期、凭证号、对方科目、摘要和余额都会详细记录，这样可以清晰地追踪现金的流动情况。这笔报销的1200元，即是从"其他应收款"转到"管理费用"，表明这笔费用已经被报销，但没有直接从现金中支出。因此，出纳在账本上只需反映现金的变动，而借款转为报销的会计处理则由专门的会计人员根据准则完成。