国务院。《环境保护法》规定，重点污染物排放总量控制指标由国务院下达，省、自治区、直辖市人民政府分解落实。对超过国家重点污染物排放总量控制指标或者未完成国家确定的环境质量目标的地区，省级以上人民政府环境保护主管部门暂停审批新增重点污染物排放总量的建设项目环境评价文件。