这两种单位主要在于定义、范围、功能等方面存在区别。1、定义：机构是由两个或两个以上的个人或群体组成的，可以完成某些特定功能的正式组织；部门是由若干个单位或机构结合在一起组成的总机构。2、范围：机构是一个大的集合，可以包括多个部门；部门是机构的一个组成单元。3、功能：机构的功能通常比部门更广泛，它可能包括多个不同的部门，每个部门都有自己的职责和功能；部门的功能通常更具体，是机构中负责执行特定任务的单元。