乙酰CoA。脂肪酸β-氧化是在线粒体中进行的，其终产物是乙酰CoA。具体来说，脂肪酸在β-氧化过程中，首先通过加水反应生成β-羟基脂肪酸，然后再经过脱氢反应、加水反应和硫解反应，最终生成乙酰CoA和乙酰乙酰CoA。因此，脂肪酸β-氧化的终产物是乙酰CoA。