百分之五十。甲状腺检查属于医保统筹基金报销范围，住院期间甲状腺检查费用是可以医保报销的，报销比例为对参保人员一个自然年度内，个人负担的合规医疗费用累计超过大病保险起付线以上费用原则上分七段累计补偿，3万元(含)以内部分报销百分之五十，3万元以上至5万元(含)部分报销百分之五十五，5万元以上至8万元(含)部分报销百分之六十，8万元以上至10万元(含)部分报销百分之六十五，10万元以上至12万元(含)部分报销百分之七十，12万元以上至15万元(含)部分报销百分之七十五，15万元以上部分报销百分之八十，年度累计补偿金额不超过20万元。