二者区别在于录取批次不同、学费不同、办学性质不同。录取批次不同：三本是第三批次录取，二本是第二批次录取。学费不同：三本是独立学院和民办高校，学费高，二本是公办高校，学费低。办学性质不同：三本是独立学院或民办高校，由企业和社会团体投资兴办，二本是公办高校，由政府投资兴办。