这两个体系的区别有性质、设立目的。1、性质不同：国库是国家的金库，是国家财政预算体系的重要组成部分；而财政专户是财政部门在银行设立的用于对某些特定资金进行专项管理的账户。2、设立目的不同：国库的设立是为了方便国家财政管理，确保国家财政资金的安全和有效使用；而财政专户的设立则是为了对某些特定资金进行专项管理和核算，以保障这些资金能够专款专用。