三叶草根里面的细菌有：1、瘤原菌属：是一类重要的根瘤菌，与三叶草的根形成共生关系，能够将氮气转化为固态氮，供三叶草吸收利用。2、小单胞菌属：与瘤原菌属类似，是一类根瘤菌，能够为三叶草提供氮营养。3、红球菌属：是一类根瘤菌，与三叶草建立共生关系，能够提供氮源和其它营养元素。